פעולותיו של רבן יוחנן בן זכאי לא היו מקובלות על כל העם . בתלמוד מסופר על כוהנים שלאחר החורבן ביקשו להמשיך לשמור על טהרת הייחוס המשפחתי ( משנה , עדויות ח , ג . ( הדבר יצר מתח בין רבן יוחנן לבין הכוהנים , ויש הרואים בכך לא רק ביטוי להבדלים בתגובותיהם לחורבן אלא גם מאבק על עמדות הנהגה בין כוהנים לחכמים . בקרב המתנגדים לרבן יוחנן בן זכאי היו לא רק כוהנים , אלא גם חכמים שהתנגדו ליציאתו מירושלים בעת המרד , ולכן בתחילה הם לא התכנסו בבית המדרש ביבנה . המתנגדים הקימו בית מדרש בלוד ובראשו עמד רבי טרפון , שהיה כוהן , ורק לאחר מותו של רבן יוחנן בן זכאי הם הצטרפו למרכז ביבנה . ביבנה הם ייצגו לא אחת עמדות שביטאו המשך לשיטתו ההלכתית של בית שמאי . מתיחות הייתה כנראה גם בין רבן יוחנן לרבן גמליאל , בנו של רבן שמעון בן גמליאל , שהיה חבר בממשלת המרד . משערים כי בשל השתתפותו של אביו במרד לא הניחו לו הרומאים לעמוד בראש הציבור לאחר המרד והם רדפו אותו . ואולם , כנראה בשנת 85 לסה"נ בערך הגיע רבן גמליאל ליבנה ומילא את מקומו של רבן יוחנן בן זכאי , שעבר לברור חיל ( יישוב בצפון הנגב . (
אל הספר