מוסד הנהגה מרכזי בכל הקהילות היה בית הדין . תפקידו היה לשפוט את הציבור , לתקן תקנות , לרשום חוזים ולאשר עסקאות . גם אנשים שרצו לתת תוקף לשליחות או לשידוך פנו אל בית הדין כדי לחתום על ההסכם ביניהם לפני הדיינים . לבית הדין הייתה סמכות להעניש את מי שעבר על תקנותיו ועל תקנות הקהל ולהכריז חרם . בית הדין היה חלק ממערכת משפטית מדורגת . מעל בית הדין של הקהילה המקומית היה בית דין בעיר שגרו בה תלמידי חכמים ; ומעליו בית דין על-קהילתי . אל בתי הדין האלה פנו במקרים שרצו לערער על פסיקת בית הדין המקומי . במאה האחת עשרה גברה המגמה שביקשה לחזק את הסמכות של בית הדין המקומי . דוגמה לכך היא התקנה שנהגה באשכנז ונקראה חרם בית דין – לפיה אפשר לזמן למשפט בבית הדין המקומי לא רק את בני הקהילה אלא גם נתבעים מקהילות אחרות . לפי ההלכה על התובע ללכת אחר הנתבע לבית הדין שבמקומו , אבל אפשר לחייב את הנתבע ללכת לבית הדין הגדול – בארץ ישראל הסנהדרין ; ובבבל בתי הדין של שתי הישיבות . חרם בית דין העניק לבית הדין המקומי מעמד של בית הדין הגדול . במשך הזמן התקבלה תקנה שכל מקום שישב בו פעם תלמיד חכם נחשב למקום שיש בו חרם בית ...
אל הספר